I 2006 var den danske computerspecialist Anders Kloder en del af en hemmelig ekspedition i Marianergraven, hvor CIA havde fundet en mystisk stentavle. Her lykkedes det for Kloder at afkode de ukendte inskriptioner, og man fandt noget i dybet. En hemmelighed der viste sig at få katastrofale konsekvenser for mandskabet og missionen. Kloder blev smidt på porten – den fejlslagne mission krævede en syndebuk.
Syv år senere modtager den bitre og livstrætte Kloder et uventet besøg under en ferie på Cuba. CIA er tilbage og beder ham atter om hjælp. De har gjort en ny opdagelse – denne gang i Mellemøsten. Tynget af de mange spørgsmål han aldrig fik svar på – og med løftet om fuld indsigt i mysteriet og hemmeligheden, der mere og mere tyder på at have noget at gøre med fundet i Marianergraven – ser han ikke andet valg end at stige om bord på privatflyet og rejse med til ørkenen.
Herefter indledes en storstilet skattejagt, der kommer til at føre Kloder vidt omkring – lige fra London til Istanbul og videre ind i den dybeste regnskov. Snart opdager han, at han ikke er den eneste, der er på jagt efter Det Forsvundne Bibliotek.